0一句话结论
因此真正可落地的「模板」是一条三段式路线：
report.qmd 当 HTML 报告骨架，渲染成交付报告。
下面按你要的三类分别给出候选；每个候选含链接、维护活跃度、支持平台、报告产出形式、覆盖模块、成熟度与上手难度评估。
1类别①：能产出报告的成熟流程（最接近字面意义的「报告模板」）
以 pipeline 形态运行、能直接吐出结构化报告或图表的项目。
★ nf-core/spatialvi ⭐ 首选·类别①
这是最像「报告模板」的东西：每个样本产出一份 Quarto report.qmd → 渲染的 HTML 报告（QC、聚类、差异表达、邻域富集、簇互作矩阵、空间可变基因 SVG）+ 跨样本整合报告（批次混合评估、整合聚类）+ MultiQC 汇总 + 单独 PNG 图。那些 report.qmd 文件本身就是可直接抄改的报告骨架。
短板：不做去卷积 deconvolution 仅经典 Visium（未覆盖 Visium HD / Xenium）；目前 dev 版、无正式 release。上手：需 Nextflow 环境，中等。
10x Space Ranger · web_summary.html
厂商自带的标准 QC 报告基线（测序质量、UMI/基因数、组织检测、初步聚类）。不是分析报告，但每份 Visium 交付都应附上它——可作为「QC 章节」的事实标准。上手：零成本（Space Ranger 跑完即生成）。
nf-core/spatialxe ＆ nf-core/sopa
spatialxe = nf-core 的 Xenium 专用流程（成熟度未深核，备选了解）。sopa 底层有 Nature Communications 2024 背书，但 Nextflow 移植版仍 dev、无 release，且只做 image-based（Xenium/MERSCOPE/CosMx 等）+ Visium HD，不支持经典 spot-based Visium。
interactivereport/SpaceSequest
唯一统一覆盖 5 平台（Visium / Visium HD / Xenium / GeoMx / CosMx）的「pipeline」，但仅 ~14 star、无 release、只产出按方法分目录的 PDF 图 + 数据对象（非整合报告）。成熟度低，不建议生产采用。
2类别②：可直接复用的分析骨架（notebook / vignette）
成熟分析库的官方工作流，产出 notebook/脚本，是「报告正文」的内容引擎。
★ satijalab/seurat ⭐ 最稳·R
最稳定、社区最大，官方分平台 vignette 最全（基础 / visiumhd / visiumhd 细胞分割 / image-based）。模块：SCTransform 归一化 → PCA/UMAP 降维 → 聚类 → 空间可变基因（Moran's I）→ 与单细胞整合 → 多切片。去卷积（RCTD）在 image-based vignette。产出 R 脚本/notebook，非打包报告。上手：低（R 生态主流）。
★ giotto-suite/Giotto ⭐ 最全·多组学
技术无关、模块最齐全：含 HMRF 空间域识别、Harmony 批次校正、spatialDWLS 去卷积、5 种空间可变基因方法、共表达模块、细胞通讯。三大 10x 平台（含 CytAssist / Visium HD）+ MERFISH/CosMx/Stereo-seq 全支持，活跃维护。上手：中（功能多、API 较重）。
scverse/squidpy
scverse / AnnData 生态，Python 团队首选。官方 Jupyter 教程齐（Visium H&E、Visium 荧光、Xenium、MERFISH、Slide-seqV2）。Visium HD 非原生支持，需 bin2cell / ENACT 桥接。产出 notebook 脚手架。上手：低（Python 主流）。
pachterlab/voyager
空间统计 / 探索性空间数据分析专精（Moran's I、Geary's C、Getis-Ord Gi*、Lee's L、MULTISPATI-PCA）。适合做「SVG / 空间统计」章节的加项，不是完整报告框架，模块完整性弱于 Giotto/Seurat。
3类别③：可借鉴的标准报告结构 / 章节框架
定「中文结题报告大纲」用的权威参考。
★ OSTA 书《Orchestrating Spatial Transcriptomics Analysis with Bioconductor》 ⭐ 定大纲首选
最权威、覆盖最全：2026-06-15 编译、绑定 Bioconductor 3.23，持续 CI 维护。平台含 Visium（DLPFC/CRC）、Visium HD（binned + segmented 两套）、Xenium、CosMx 及 Xenium+Visium 跨平台整合。逐章覆盖 QC → 归一化 → 降维 → 聚类注释 → 特征选择/SVG（nnSVG）→ 去卷积 → 空间统计 → 邻域分析 → 细胞通讯，全带 R 代码 + 数据集。直接把它的目录当中文交付报告的章节大纲。
商业 / 核心实验室交付结构
测序公司案例与核心实验室 workflow 文档可参考行业交付的章节顺序与图表规范，对标中文交付场景的版式与深浅度。
4维护活跃度 · 硬数据
直查 GitHub API（比网页检索准）；快照 2026-06，star/commit/release 会变化。
| 项目 | Star | 最近提交 | 最新 release | 平台 | 报告产出 | 定位 / 成熟度 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| nf-core/spatialvi | 76 | 今日 | 无 (dev) | 仅 Visium | Quarto→HTML ✅ | 开箱流程，最像报告模板 |
| lmweber/OSTA（书） | — | 2026-06 | 绑 Bioc 3.23 | V/HD/Xenium/CosMx | 在线 HTML 书 | 框架·最全 |
| satijalab/seurat | 2756 | 今日 | v5.5.0 | V/HD/Xenium | vignette/notebook | 最稳·社区最大 |
| scverse/squidpy | 577 | 今日 | v1.8.2 | V/Xenium（HD 需桥接） | Jupyter notebook | Python 主流 |
| giotto-suite/Giotto | 377 | 2026-06 | v4.2.3 | 全平台 | notebook | 模块最齐 |
| scverse/scanpy | 2494 | 今日 | 1.12.1 | 通用底座 | notebook | Python 分析底座 |
| BayraktarLab/cell2location | 442 | 2026-06 | v0.1.5 | Visium | 去卷积结果 | 补 spatialvi 去卷积短板 |
| dmcable/spacexr (RCTD) | 464 | 2026-01 | — | Visium / Xenium | 去卷积结果 | 去卷积主流 |
| pachterlab/voyager | 103 | 2026-05 | — | 多平台 | 空间统计 | ESDA 加项 |
| interactivereport/SpaceSequest | ~14 | — | 无 | 5 平台 | PDF 图+数据对象 | 不成熟 |
xzhoulab/SPARK（2022 停更）、Teichlab/SpatialDE（偏老，2018 release）、STOmics/Stereopy（Stereo-seq 非 10x）。
5推荐排序（针对中文生信交付）
- 报告大纲 / 章节框架 → OSTA。直接把它的章节顺序当交付报告目录，最权威、三平台全、含去卷积。
- 分析引擎按团队语言二选一：R 团队选 Seurat（最稳、官方分平台 vignette 最全）；要模块最全 / 多组学选 Giotto Suite；Python 团队选 Squidpy。
- HTML 报告骨架 → 抄 nf-core/spatialvi 的
report.qmd。现成可改的 Quarto 报告模板，省掉从零搭版式。 - 务必补去卷积：spatialvi / Space Ranger 都不做，用 cell2location（Visium 主流）或 RCTD/spacexr 补上「细胞类型空间去卷积」这一关键章节。
- QC 章节附 Space Ranger
web_summary.html作为事实标准。
6落地到现有交付流程
本团队做 hdkongzhuan（华大 Stereo-seq）、mjandpe（PE 空代）这类令牌门报告站的成熟套路，可直接复用到下一个 10x Visium 项目：
- 用 OSTA 目录定
content.js/dist/data的章节结构； - 用 Seurat / Giotto 在 server199 跑真实数据出图；
- 参考 spatialvi
report.qmd的图文编排，渲进既有渲染器； - QC 段直接嵌 Space Ranger
web_summary.html，去卷积段用 cell2location/RCTD 结果。
7来源与调研方法
deep-research 模式：6 路并行检索 → 抓取 23 来源 → 抽取 112 条声明 → 3 票对抗式核验（20/25 通过）→ 综合；叠加 GitHub API 直查维护指标。
• nf-core/spatialvi github.com/nf-core/spatialvi · 输出文档 nf-co.re/spatialvi/dev/docs/output
• Seurat 空间 vignette satijalab.org/seurat/articles/spatial_vignette（+ visiumhd / image-based）
• Giotto Suite giottosuite.com · github.com/drieslab/Giotto · Nature Methods 2025 (PMID 41034612)
• Squidpy github.com/scverse/squidpy · Nature Methods 2021 (PMC8828470)
• Space Ranger web summary 10xgenomics.com · space-ranger web summary
• Voyager github.com/pachterlab/voyager · nf-core/sopa（Nat Commun 2024, s41467-024-48981-z）· SpaceSequest github.com/interactivereport/SpaceSequest